保护原则：依据《中华人民共和国文物保护法》和《南水北调工程建设征地补偿和移民安置暂行办法》，按照南水北调工程建设计划，实行保护为主、抢救第一的原则，开展文物保护工作。

工作机制：国家文物局会同国家发改委、水利部和国务院南水北调办联合建立了南水北调工程文物保护协调小组，专门协调南水北调工程文物保护前期工作和工程实施过程中出现的文物保护问题。协调小组的日常工作由国家文物局文物保护司负责。