考虑到跨流域调水工程的供水成本一般相对较高，农村用水户的水价承受能力较低。因此，解决农业缺水主要靠节水、调整种植结构和提高水的利用效率，即通过以节水为中心的灌区更新改造和续建配套、以用水户参与管理为重要内容的灌区管理体制改革，提高农业用水效率。

南水北调工程在解决城市缺水的基础上，最大限度地兼顾农业用水：一是靠近水源区、供水成本较低的受水区；二是将城市挤占的水量偿还于农业；三是将处理达标后的废污水用于农业和生态。

此外，当丹江口水库来水较丰富时，可以利用中线工程加大输水量，通过输水渠道与当地河道交叉处设置的分水口门、退水闸等设施，放水入河湖，增加部分生态用水，改善生态环境。