南水北调的档案管理实行以下管理方法：

南水北调东、中线第一期工程档案应与工程建设实施同步管理。签订合同、协议时，应对工程档案收集、整理、移交提出明确要求和违约责任；检查工程进度与施工质量时，应同时检查工程档案的收集、整理情况；在进行工程验收时，应同时审查、验收工程档案的归档情况。

工程档案是衡量工程质量的重要依据，是工程成果的组成部分。凡未按档案管理要求完成归档任务或工程档案质量不合格的项目，建设管理单位可暂扣工程保证金，并督促责任方完成归档任务，直到满足档案归档要求为止。

各单位应加强工程档案基础业务建设，积极采用新技术，开展工程档案信息化工作，建立工程档案数据库，开发工程档案信息资源，提高工程档案管理现代化水平，为工程建设与管理服务。

项目法人应按时向国务院南水北调办报送《南水北调东、中线第一期工程建设档案管理情况登记表》、《南水北调东、中线第一期工程建设项目档案管理登记表》。

各单位应对在工程档案工作中做出突出成绩的部门和人员，给予表彰和奖励。对于违反本规定的单位或个人，上级主管部门可采取通报批评等方式限期整改；对逾期未改，并负有直接责任的领导和具体负责人，上级主管部门可视具体情况予以处分。触犯档案法律法规，造成严重后果的，依法追究法律责任。